Vidinės priežastys – tai pačio organizmo sąlygos, kuriomis tenka dirbti imuninei sistemai. Pavyzdys – dažnos pneumonijos su ta pačia pažeidimo lokalizacijos vieta liudija prieš imunodeficitą ir įspėja apie bronchinio medžio anatominės struktūros pažeidimą.

Tokiu būdu, pakartotinis imunodeficitas atsiranda tada, kuomet susidaro tokios sąlygos, kurioms esant imuninė sistema, genetiškai užprogramuota „normaliam“ darbui, nebegali toliau atlikti savo pagrindinės funkcijos – apsaugoti nuo infekcijų.